企业可以用许多方式来保护自己的包装设计，究竟用哪种方式要依据企业自身的情况有所选择。例如通过外观设计专利来防止包装设计被侵权，虽然具有取得权利周期相对较短，授权时一般只进行形式审查，直观保护色彩和颜色及其组合，且可申请系列外观设计专利等优势，但同时也存在一些缺
首先，存在权利的不稳定性。当企业发现自己的外观设计遭遇侵权而起诉时，被告方常常会以专利授权不当为由，向国家知识产权局专利复审委员会提出宣告专利权无效的请求，并要求法院中止案件审理，待专利权的有效性得到确认后再恢复审理程序。用此种方式拖延诉讼，往往能为被告争取时间，即便最终原告胜诉，被告也赢得了诉讼期间的市场。这样就使得在企业的实际维权中，仅仅利用外观设计专利保护自己的特有设计有一定风险，并且可能使企业的损失增加。
其次，保护期有限。外观设计专利的保护期限是10年，而国内的平均使用寿命还不到10年，超出保护期的仿制将不再视为侵权。一些好的设计如只采取申请外观设计专利的方式加以保护，显然不够。这也是一些经典设计往往采取同时注册商标或者采用其他方式进行保护的原因。
再次，对于外观设计的侵权判定目前存在诸多争议，主要集中在判定的前提、标准以及主要方式等方面，不同的法官可能会有不同的判决结果。不确定因素的存在，使企业即使申请了外观设计专利，也难以保证不遭遇侵权，遭遇侵权后即便起诉也不一定胜诉。
这样看来，同时利用注册商标来保护就有一些优势，从保护期限来说，虽然外观设计和商标同为10年，但外观设计保护期满后，不再受法律保护，而商标到期后在有效期内还可以申请延续，只要企业需要，就可以一直拥有它。需要注意的是，我国现行的《商标法》规定，在我国注册商标采取的是分类注册原则，因此作为注册商标要想得到全面保护，就需要多项注册，以求全面保护。
运用《反不正当竞争法》进行保护则相对灵活，因为其第2条可以作为兜底条款，只要违反诚实信用原则的，都会受到制裁。但在诉讼过程中，尤其是举证有一些困难，而且很多情况下要依赖工商部门的裁决结果。企业在维护权利时，要密切注意行政法规和部门规章，它们对于当事人的保护更为具体一些。但《反不正当竞争法》第5条第2项明确规定，保护知名商品特有的名称、包装、装潢。这意味着被保护企业首先应该是知名企业，对于正在创立、成长。还没有成为所谓知名的企业，即使包装设计确实新颖、独特，可能也得不到该法的保护。这类企业应该选择其他方式来保护自己。
不同的企业，自身状况都有所不同，在提高知识产权保护意识的同时，要根据自身情况选择有利的保护方式，因为同样应对侵权，诉讼标的不同，很可能形成不同的判决结果。
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